Я так понимаю, у вас там просто строчки? Тогда cat ... | cut -d '|' -f 1,2,3 | sort - как-то так.
Или напишите скрипт на Perl/Python/чем угодно. 5-7 Гб - не так уж много. Если только вам не нужны какие-то еще группировки с другими файлами, тогда да, используйте какую-нибудь РСУБД.
