Всем спасибо. На самом деле ошибка возникла из-за того, что я не определил алиас для папки vendor:
@vendor, the Composer vendor directory. Defaults to @app/vendor.
В итоге разбросал приложения по отдельным директориям. Все работает. На входном скрипте прописал небольшой код для определения имени субдомена, в зависимости от которого будет построено отдельное приложение. Также насоздавал несколько консольных приложений. Не знаю насколько это правильно) Но в целом удобно и работает)