а сколько времени прошло?
на клиентском сайте гугл проиндексировал все через 1-2 недели после запуска, а яндекс проиндексировал несколько страниц без каталога, а каталог проиндексировал через 2,5 мес
причин может быть много: канонические url указаны неправильно, много дублей страниц у cms и тд
