Если я верно понял вопрос, вы хотите понять, как именно сохраняются измененные значения свойств для определенного набора екземпляров елементов одного класса. Если так, то, если простыми словами, это происходит следующим образом: если при чтении свойства нету в самого объекта оно ищется в прототипе родителя и так до самого верха иерархии пока не найдется и, соостветсвенно, либо значение либо undefined. Если вы меняете значение (присваиваете новое, измененное) екземпляру (не прототипу), тогда создается поле с указанным значением (на уровне екземпляра) и уже в следующий раз вы получите при чтении именно его (установленное вами и именно для этого екземпляра). Надеюсь, не сильно запутано ответил.
