Проблема здесь:
autocmd VimEnter * call RestoreSession()
до этого у вас было правильно
autocmd VimEnter * nested …
. Суть в том, что новой командой вы запрещаете Vim вложенные события, тогда как старой разрешали. Определение типа файлов, загрузка синтаксиса и соотвествующих дополнений делается по событию, поэтому вам необходимо добавить
nested сразу после шаблона:
autocmd VimEnter * nested call RestoreSession()