Продолжайте использовать webpack. Просто создайте таск который будет собирать js через webpack.
Для связки gulp и webpack есть пакет
webpack-stream (gulp-webpack)
Пример как я
использую.
Подсмотрел у Ильи Кантора в его скринкасте
Скринкаст по Gulp - Интеграция Gulp и Webpack