апись идет еле-еле
Это странно.
Обычно на HDD из-за сжатия производительность только увеличивается, потому что сокращается чтение с медленного диска, а накладные расходы нивелируются хорошей мощностью современных процессоров.
Команда linux: ls -sh стала показывать размер сжатого файла, есть возможность, чтобы она показывала реальный размер?
Всё правильно она показывает. Несжатый размер - это атрибут файла, который прописан только в NTFS. Может, и есть способ оттуда его вытащить, но точно не стандартными средствами Линукса.