Создал хост, файл /etc/nginx/sites-available/mysite.ruон по вашему сам себя в основной конфиг заинклудить должен ?
-----BEGIN CERTIFICATE-----вот эту часть (со всеми тремя сертификатами в одном файле) в {путь}/chain.crt
...
-----BEGIN CERTIFICATE-----
...
-----BEGIN CERTIFICATE-----
...
-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----а эту в {путь}/private.key
...