Дмитрий Шицков

Я обычно зеркалирую репозиторий с публичным чартом или затягиваю/кеширую chart в свой Nexus.
На случай, если оригинальный чарт исчезнет, переедет или перестанет быть совместимым, а может быть в стране запретят интернет. Или мне захочется внести в него свои изменения.

Chars and subcharts? - Но я хочу использовать публичные чарты от MySQL.

Subchart можно указать как Dependency (или подключить git-сабмодулем, если это репа.).
Конфигурировать values.yaml стандартно как для subcharts.

для каждого чарта отведён отдельный репозиторий?

Не всегда чарты есть в helm-репозитории.

Вот вы наварили кашу в вопросе из CI, CD, мониторинга и логирования!
Если хочется в одном месте - у Gitlab есть интеграция с Kubernetes. К сожалению, не уверен покроет ли на 100% ваши пожелания, но вроде бы базовый мониторинг и отображение логов он мог https://docs.gitlab.com/ee/user/clusters/agent/ind...

Если разделять, то уже придется отталкиваться от желаемого решения по деплою. Опишу на своем примере - мне подход GitOps лучше всего подходит, и я выбрал выкатываться с использованием helm и ArgoCD - есть минмиальный мониторинг и логирование в одном месте.
Централизованный мониторинг сервисов организован при поддержке Prometheus / Prometheus Operator.
Логирование в ELK со сбором логов через filebeat.
В случае необходимости визулаьного восприятия состояния кластера, использую Lens.

Ориеетируясь по сообщению "Host key verification failed", мне кажется, у вас проблема, описание которой есть в документации https://docs.gitlab.com/ee/ci/ssh_keys/#verifying-...