Решил по советам с SO не нажимать на сборку, а запустить отладку - он сам предложил собрать измененные файлы. На самом деле - он билдит, но не 20 секунд а два с половиной часа. (в итоге изменения не сохранились, даже удаленный спрайт остался, хотя configure я заново запускал). Пришлось делать чистку и собирать с нуля. Если найду проблему - изменю.