Меня эта чушь уже задолбала, постоянно сама по себе выскакивала. Лечится это так:
1. Отключаешь плагины gradle и все с ней связанные, студия сама их предложит отключить
2. перезагружаешь студию
3. включаешь все обратно
4. перезагружаешь
Я из-за этого проект пересоздавал -_-
file->settings->plugins