Сервер в хетзнере, тоже сталкивался с подобной проблемой. Выловить причину не удалось. Помогал только рестарт сервера.
Проблема появлялась после обновления аккаунтов в ISP Manager. Т.е. после перезагрузки апача и нгинкса.
После обновления софта проблема вроде как исчезла.
З.Ы. Ось CentOS 6.4