Yuriy Vorobyov

Ничем, это все middleware. Суть промежуточного обработчика заключается в том, что он должен вызываться в самом конце и либо завершать процесс, либо передавать объекты req/res в следующее промежуточное состояние.
Вот здесь можно посмотреть реализацию внутри express, а здесь почитать как все это дело работает

Вы можете использовать mongoose. По итогу будет что-то такое:

const mongoose = require('mongoose');

const firstConnection = mongoose.createConnection('опции для подключения')
const secondfirstConnection = mongoose.createConnection('опции для подключения')

Больше о множественных подключениях можно прочитать тут