fastcgi_param PHP_ADMIN_VALUE устанавливается для процесса до окончания его срока жизни, и такой параметр потом не может быть переопределен через ini_set, только через другой PHP_ADMIN_VALUE.
Описание этих директив есть здесь
https://www.php.net/manual/en/configuration.changes.php
Отвечая на вопрос: да, с таким поведением не столкнетесь. Но нужно помнить, что этот параметр также будет расспространяться и на другие секции server, если для них установлен один и тот же обработчик php-fpm