Но через несколько часов процессы httpd начинают просто неприлично жрать память и опять все виснет, причем рестарт апача не помогает (пишется, что не удается остановить службу).
Очень похоже на утечку памяти. Может есть какой-то скрипт, который не завершается, а продолжает висеть в памяти (max_execution_time в нем выставлен в 0)?