Чтобы исключить Windows из списка возможных виновников, загрузись с Live CD Ubuntu и посмотри, будет ли компьютер вести себя также. У меня был компьютер на материнке Asus на чипсете H61M, он стабильно работал только в Linux, в Windows случались рандомные перезагрузки в самый неприятный момент, НО только если система установлена на SSD (на HDD даже в Windows всё ОК). Вот такая магия.
