Нужно сделать git clone из папки с репо в нужную папку для deploy. Git работает не только по сети, но и локально. Например, папка с репо находится в /home/user/repo, а нужно задеплоить в /home/user/deploy:
cd /home/user && git clone /home/user/repo deploy
Создастся папка /home/user/deploy с копией репозитория, там можно делать git pull для обновления, но работать там будет сложно (не буду сейчас вдаваться в подробности), но это и не требуется, это же деплой. Работать надо в /home/user/repo.
Папка с исходным репо (/home/user/repo) может быть склонирована с Github/Gitlab, если так удобнее. Можно сделать приватное репо прямо на сервере, соединяться по ssh с домашней машины, но для этого нужно будет немного больше изучить Git :)
Ключевые точки проекта Git сохраняет сам при коммите. Всегда можно откатиться на какой-то коммит при помощи git checkout {COMMIT_HASH}.
