Если у Вас таблицы MyISAM — попробуйте заменить их на INNODB, нам в одном проекте это помогло. Насколько я понимаю, MyISAM плохо держит большие и часто обновляемые таблицы. Поэтому они и крашатся. А вообще — надо искать источник проблемы, скорее всего это жесткий диск (у вас RAID? ). По возможности кэшируйте запросы, чтобы разгрузить БД
