Что сделать что бы снизить нагрузку
Кэширование настроено?
Высокую нагрузку VDS может показывать и если хостер жестко закрутил лимиты на CPU/RAM/Диск, в итоге даже при минимальной нагрузке система будет показывать что ресурсы съедены. Аналогичная ситуация если ноды провайдера, с вашим VDS, перегружены. Помочь может перенос на менее нагруженный сервер.
HDD:100ГБ
Лоукост? Сейчас все на SSD.
Несколько раз за неделю сервер зависал приходило просить СП перезагрузить сервер.
А из панели управления вы не можете перезагрузить сервер?