Если памяти достаточно всем софтинам проблем ну бедт. У нас на нагруженном проекте, пока новые сервера не дали, и слон и мускуль стояли и работали отлично на одном сервере, мы просто подтюнили потребление памяти
Если сервер только дб, почему у вас innodb_buffer_pool_size = 128M такой низкий? желательно минимум 50 % озу. атоп имеет смысл смотреть в разрезе времени, а не два листинга.