PdfReader reader = new PdfReader(src);
PdfStamper stamper = new PdfStamper(reader, new FileOutputStream(dest));
stamper.addViewerPreference(PdfName.DUPLEX, PdfName.DUPLEXFLIPLONGEDGE)
Что-то мне подсказывает, что придется разделить на два задания для печати:
одно страницы с дуплексом, и второе страницы с простой печатью.
Также задания касающиеся печати можно решить с помощью: PrintTicket