В вашем примере стоит таймер на 2 секунды, после чего включается ваш загрузчик. Возможно, проблема в этом?
А вообще сначала должна выдаваться страница с загрузчиком, а потом данные подгружаются и отрисовываются за ним.
И отображение загрузчика надо делать без скриптов.
Стили зугрузчика нужно встаривать в html страницу, чтобы не было такой ситуации как у вас.
