Если хотсер (у вас же виртуальный хостинг) запретил изменять max_execution_time, то его, естественно, не изменить. Скорее всего, даже по вашему запросу хостер вам не разрешит запускать такие скрипты. Единственный вариант - разбивать задачу на блоки, заведомо исполняющиеся меньше чем за 30 секунд и сохранять промежуточное состояние выполнения. Вся задача должна будет исполняться с помощью многократных запусков скрипта. Но и в таком случае не избежать проблем. Если эти запуски скрипта сильно нагружают систему, то рано или поздно хостер сообщит вам что вы нарушаете условия пользования виртуальным хостингом. Тогда остается два варианта - выполнять эту задачу на подконтрольном вами сервере и загружать данные удаленно в базу виртуального хостинга, либо вообще перейти на vps или dedicated сервер.
