Антон Соломонов

Сделайте на сервере с mysql:

iptables -L -n
netstat -npl | grep 3306

На сервере с рабочим сайтом сделайте:

iptables -L -n
telnet x.x.x.x 3306

кстати как сделать чтобы работало и локально и удаленно для одного юзера

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@'%' IDENTIFIED BY 'pass' WITH GRANT OPTION

Вы уже сделали user@'%'.