Ничто не мешает подготавливать DELETE запрос :-) И наоборот. Ничего не спасет от необходимости использовать PDO::quote.
Типичный пример - необходимость подстановок в мутациях данных с помощью Doctrine2 Migrations в моментах, когда нужно конкатенировать, например, списки строковых id.