Тоже недавно новый микротик ставил CCR
Всё правильно выше написали - делаешь выгрузку конфигурации текстом, открываешь её в Notepad++ и по кусочкам переносишь в консоль нового микрота, попутно проверяч имена портов и т.д. Например, на старом микроте порт назывался sfp а на новом бужет sfpplus, нужно это сразу поправить, иначе команда со старого микрота не отработает на новом.
У меня было так, что я менял CRS на CCR и соответственно у меня стало меньше портов, чем было. Было 24, стало 16. Поэтому я правил конфигу вручную. Убирал порты 17-24, а те из них, на которых были настроены сети, перекидывал на другие порты. Например вместо 24 порта на старом у меня стал 16 на новом. Вместо 23 на старом - 15й на новом и т.д.
Лучше конечно же это делать в выходной, когда никто не работает.