Решил ситуацию не очень кошерным способом:
Создал раздел на котором крутится ownCloud. Перенёс папки пользователей на другие разделы и создал на них ссылки в разделе ownCloud.
Команда в консоли:
ln -s /media/disk_1/TimeCapsule/User_1 /media/disk_1/ownCloud/User_1