Ну, nginx по-умолчанию — мастер-процесс, который порождает воркеры и реагирует на сигналы. Получив сигнал на софт-релоад, мастер порождает новые воркеры и завершает старые в момент завершения задач.
Исходники открыты...
$points[] = [__LINE__, microtime(true)];
После каждой строки, в конце итерации записать в файл сериализованный массив $points
Проанализировать данные на предмет длительных операций.
А потом, когда в таблице будут сотни миллионов строк, придет менеджер и скажет, что теперь там еще тугрики будут какие-нибудь и у них точность до тысячной. А у вас таблица до сотых.