VladX

Я думаю вам не совсем язык программирования нужен. Тут недавно проскакивало — habrahabr.ru/post/145985/. Хорошо подходит для построения объемных моделей. Также есть разные физические симуляторы для классической механики — поищите в гугле. Для сложных рассчётов есть GNU Octave, MathLab, SciLab и т.д. А вот для построения модели атома водорода никогда не встречал — самому интересно.

Если это ваш первый язык (насколько я понял, да), то лучше начать с общих книжек про алгоритмы и построение программ. Затем можно начать изучать пайтон.