Правильно в вашем случае будет
1) git rebase master
из вспомогательной ветки. Вероятно, шаг включает разрешение возможных конфликтов.
2) git rebase -i HEAD^^^
из вспомогательной ветки. Собираем несколько коммитов вспомогательной ветки в один (опционально, но часто для аккуратного оформления коммитов требуется)
3) git merge secondary-branch --ff-only
из главной ветки. Мержим с fast-forward (то есть уже без решения конфликтов) новые коммиты из вспомогательной ветки
То есть вы сначал внесете изменения из главной во вспомогательную ветку, а потом включите новые коммиты из вспомогательной в главную.
Иногда имеет смысл сделать git rebase -i вспомогательной ветки на саму себя, чтобы объединить ряд коммитов в один.
Если коротко. Хорошей практикой считается отсутствие коммитов слияния в главной ветке.