Vitsliputsli

Если подразумевается высокая нагрузка:
Т.к. параллелизм, то сервис лучше писать на Go, Python тут плохой вариант.
А вместо rest лучше grpc, если для модели нужно много данных.

выполнять сырые sql

Любая СУБД предоставляет широкое управление доступом, поэтому вполне можно этим вопользоваться. Если учебные таблицы нужно только читать, то можно держать их в одном месте, ограничив доступ только на чтение. Т.к. менять данные они будут только свои, то лочить друг друга не смогут. Также надо посмотреть лимиты для кол-во данных, которые пользователи могут залить в БД. Лимитировать кол-во создаваемых БД.
Несмотря на все, разумеется, лучше весь этот зоопарк держать на отдельной СУБД.
Можно, конечно, сделать это и через контейнеры. Но такая изоляция здесь не особо нужна, а накладные расходы будут очень велики, если у вас не 2 пользователя.

Как и любую другую внешнюю команду - через system, exec или другую команду, которая больше подойдет.