Фикстуры существуют для многократной заливки/перезаливки большого кол-ва различных слепков данных, что незаменимо при тестировании. При инстанцировании продовой (да вообще любой) базы данных, первоначальные данные вам понадобится залить только 1 раз, по-моему не стоит тут выдумывать сложных механизмов, просто залейте данные из файла прямо в БД. Если есть зависимые данные, можно заливать их сразу с указанными id, т.к. база пустая, и так как база только готовится и приложения не работают, то атомарность нам не важна.
В миграцию помещать данные не слишком удобно, в крайнем случае можно, но только те, которые не зависят от окружения, небольшие по объему, и которые не будут программно меняться.
