Для работы pure-ftpd как с виртуальными пользователями, так и с пользователями mysql необходимо запускать pure-ftpd-mysql со следующими параметрами:
/usr/sbin/pure-ftpd-mysql -l mysql:/etc/pure-ftpd/db/mysql.conf -l puredb:/etc/pure-ftpd/pureftpd.pdb -H -d -E -j -A -B