Vindicar

0. Получить SSH-доступ и подключиться.
1. Поставить нужную версию питона, если она не установлена. Если она доступна в репозитории, то использовать yum или apt-get, в зависимости от того какой дистрибутив linux установлен на вашей VPS.
2. Используя эту версию питона, запустить pip (python3 m -pip ......... ) чтобы поставить требуемые пакеты.
3. Запустить скрипт, используя эту версию питона (возможно придётся указать полный путь до исполняемого файла python).
4. Если нужно, чтобы скрипт запускался при рестарте VPS и работал в фоне, создать по образцу init.d скрипт или systemd модуль (в зависимости от дистрибутива), поместив в него команду запуска.

Нужно сохранять где-то ссылку на объект кнопки, разуемеется.

Member.mention
Читай документацию, это быстрее, чем спрашивать.

Координаты строго целочисленные?
Тогда обходи точки с помощью алгоритма floodfill, с центром в исходной точке.
Например, для небольшого участка порядок будет таким:

5 4 3 4 5
4 2 1 2 4
3 1 X 1 3
4 2 1 2 4
5 4 3 4 5

Цифра - на какой итерации проверяются эти позиции.
Т.е. сначала проверяешь соседние с исходной, потом соседние с ними, потом соседние с теми, и так далее.
Если в позиции есть точка, добавляешь её в список найденных. Когда в списке найденных набралось 3 точки, останавливаешься.

socket?

Вообще сама необходимость в таком коде уже признак серьёзных проблем.
Но если очень надо... В питоне классы - это объекты первой категории. С ними можно делать всё то же, что и с другими объектами, например, возвращать их из функций. Так что незачем возиться с class_name.

Как, как - взять и написать!
Что за библиотеку используешь для работы с чатами ВК? Открываешь её документацию, ищешь обработку сообщений, учишься извлекать прикреплённые изображения. Если не получится извлечь как файл, то хотя бы как URL.
Если фото - URL, то далее в зависимости от того, какую ВК-библиотеку используешь. Если бот синхронный - скачивай картинку через requests, если асинхронный - через aiohttp. Так или иначе у тебя будет содержимое файла картинки, его и скармливаешь Pillow.
В конце опять лезешь в документацию по либе ВК, смотришь как прикрепить файл к сообщению. Используешь это для того, чтобы отдать пользователю обработанную фотку.

Код за тебя тут писать не будут всё равно, так что если нужны детали - пробуй написать сам, и с написанным уже приходи.

У тебя два вечных цикла - один это bot.polling(), другой содержит schedule.run_pending(), и они обязательно будут конфликтовать.
Я не вполне понял почему твой бот вообще работает - он не должен бы, хотя бы потому что reminder() нигде не вызывается, и ничем не декорируется. Разве что ты чего-то не показываешь.

Есть два варианта их подружить по-человечески.
1. засунуть один из циклов (лучше schedule) в отдельный поток
2. использовать асинхронную библиотеку вроде pyrogram, и заменить time.sleep() на await asyncio.sleep().

Исходи из того, что между процессами лучше передавать только примитивные типы данных и простые коллекции (списки, кортежи, словари). Так что не надо передавать объекты Tkinter как есть, извлеки из них требуемые данные и передавай их.
EDIT:
Идеальный сценарий - использование пары multiprocessing.Queue.
Код дочернего процесса слушает одну очередь, и обрабатывает полученные там задания, а потом пишет в другую ответы.
Код материнского процесса занимается работой с GUI, складывает задания в первую очередь, и время от времени мониторит вторую очередь на предмет новых ответов. Используй root.after() для мониторинга.

Для начала, что ты хочешь сделать? Локализацию на изображении нескольких объектов из нескольких категорий?
Тогда нужно подумать, как у тебя будет формироваться отклик сети, потому что золотое правило для большинства сетей - размер входа и размер выхода не могут меняться на ходу.
Если ты не знаешь, сколько у тебя будет объектов, то лучше обучать сеть с прицелом на пиксельные карты. Грубо говоря, пусть тоже выдаёт изображение (можно уменьшенное), и на нём закрашивает прямоугольники разными цветами, соответствующими разным категориям.

Документацию по модулю открой хотя бы.

Первый же пример уже даёт представление о том, как будет организован код.
Создаёшь объект parser, добавляешь ему описания параметров вызовами add_argument(), затем натравливаешь его на аргументы командной строки вызовом parse_args(), который вернёт тебе объект, содержащий распарсенные параметры как атрибуты. Этот объект (его атрибуты) ты уже используешь по своему усмотрению.

Всё, что после этого остаётся - разобраться с методом add_argument() и его параметрами, за что они отвечают, и какое поведение обеспечивают.

Да чего тут думать.
1. Определи список изображений, которые хочешь склеить, и загрузи их.
2. Приведи их все к одной ширине вызовом Image.resize(). Как будешь целевую ширину определять, решай сам. Можно ориентироваться по размеру наибольшего из изображений.
3. Просуммируй высоты (для отмасштабированных вариантов, не для исходных!), создай новое изображение, с такой же шириной и суммарной высотой (чтобы все кадры поместились).
4. Используй метод Image.paste() для вставки кадра в целевое изображение. Он позволяет указывать вторым параметром позицию изображения - куда именно попадёт левый верхний угол вставляемого изображения. Так что начинаешь с точки (x=0,y=0), и после каждой вставки прибавляешь к y высоту только что вставленного изображения (плюс зазор, если хочешь).
5. Сохраняешь итоговое изображение вызовом Image.save().

Блин, ты поиском пользовался? Полно же таких вопросов на этом сайте, для самых разных мессенджеров. Причем как раз в такой формулировке, как у тебя.

Для каждого пользователя храни последнюю дату и время ввода команды. При следующем вводе проверяй, когда был последний ввод, и прошли ли сутки с тех пор.

"As join() always returns None..."
join() вообще никогда не возвращает ничего кроме None.
Лучше сообщить потоку, куда он должен поместить результат.
Например, так

def thread_body(arg, target):
    result = "foo" + arg
    target.append(result)

def call_thread(arg):
    target = []
    th = threading.Thread(target=thread_body, args=(arg, target))
    th.start()
    th.join()
    return target[0]

Но этот код синхронный. У тебя, насколько я вижу, асинхронная программа, и th.join() её заблокирует.
Может иметь смысл либо использовать run_in_executor(), либо переделать thread_body() на асинхронный код (если это возможно).
Экзекутор сам создаст за тебя поток, к слову. Пример по ссылке.
Чтобы получить объект loop, в котором работает твоя async-функция, используй asyncio.get_running_loop().

Сами - нет. Подбери один раз значение под свою задачу, и оставь его.
scaleFactor - это шаг масштабирования при поиске объектов разного видимого размера.
Чем он ближе к 1, тем более мелкие шаги делает алгоритм, тем больше этих шагов, тем дольше обрабатывается изображение. Чем он больше, тем быстрее обработка - но в то же время лицо "промежуточного" размера между парой шагов может быть потеряно.

Следует учесть, что лицо может "теряться" не только из-за этого параметра, но и из-за множества других факторов.

import requests
USERNAME = 'email@mail.ru'
PASSWORD = 'pwd'
LOGIN_URL = 'https://naurok.com.ua/login'


with requests.Session() as session:
    login_resp = session.get(LOGIN_URL) #куки, реферер
    login_resp = session.post(LOGIN_URL, data={'email': USERNAME, 'password': PASSWORD})
    info_resp = session.get('https://naurok.com.ua/test/monotonnist-i-neperervnist-funkci-parni-ta-neparni-funkci-1059187.html')
    #хочешь - сохраняешь
    with open('res.html', 'wt', encoding='utf-8') as dst:
        dst.write(info_resp.text)
    #хочешь - парсишь как тебе нужно.