ну, тебе надо использовать cron (crontab -e) под рутом и написать простой bash script, со списком всех комманд... который будет это делать каждый час, день итд. Нужно перезагружать nginx после изменения конфигурации, например nginx -s reload
Virtualmin имеет свою command line, например:
https://www.virtualmin.com/documentation/developer...
Ищи какие команды заменят твои действия в его GUI
