Василий

Если настройки меняются редко, то читать весь файл файл. Про память - вы плохо соотносите расходы на нее, у вас будет 1-2 кб, соединение с SQL съест гораздо больше.
Не там оптимизируете и не о том думаете. 30+ запросов вообще бред какой-то.
Для хайлоада можно использовать какой-нибудь НРСХД типа redis...

Точно определить нельзя, подходит (по длине), к примеру, SHA-512 или Whirpool

Возможно что сервер не успевает отработать изза малого connect_timeout.
Какое у него значение? Попробуйте увеличить его.
Вот боле подробное описание этого случая

На мой взгляд касательно apache+php их еще может и можно скомпилировать под ARM iPhone, то вот MySQL — сильно маловероятно. Единственно если удастся подцепить к этому встроенный в iOS Sqlite — но код менять придется всеравно.
В качестве метода позволяющего нормально отображать html+css+js+проч статику и пользоваться при этом нативными функциями можно порекомендовать phonegap.com или titanium studio.