Используете публичные большие скрипты — всегда есть вероятность что мало-/не- известная уязвимость в них будет использована во зло. IMHO надо всегда считать что конкретный сайт можно взломать с точки зрения уязвимости кода, необходимо не дать захватить остальное.
Максимально изолируйте сайты друг от друга (разные юзеры, разные права, разыне хоумдиры и т.п.), механизмы разделения типа jail, виртуализация и т.д.
Хватит ли указанных вами мер сказать сложно, ввиду того что много зависит от используемой ОС и ПО, их настройки, особенностей приложений.