Алгоритмы, которые я точно знаю, обычно пишу большими кусками, а потом за пару запусков правлю всё. Обычно это просто опечатки. А вот с библиотеками, с которыми работаю впервые, либо алгоритмы, которые пишу редко, обычно отлаживаю по частям. Так проще, потому что на этапе привыкания постоянно где-нибудь да сфейлишь.