Пример не осилил, но как правило для сравнения таких данных преобразую массивы в строки — со строковыми примитивами работа быстрее.
Например, поиск подстроки "_2_" в строках «1_2_3», «1_2_5», и т.д — очень быстрая операция. Если размерность массивов одинакова, то можно объединить массивы в текст, зная позицию подстроки, можно при желании определить к какому массиву такая строка относилась. Подумайте в этом направлении, я честно пытался раскурить вашу задачу, но у нас крайне разные способы мышления :)