— Странно, весь интернет хранит файлы на дисках и ничего. Если есть вариант, что MySQL будет хранить их не_на_диске, а где-то в другом месте, то, возможно, будет некий бонус. В остальном это лишние накладные расходы при каждом запросе.
— Никогда небыло проблемы с бекапом файлов. Есть туева хуча готовых утилит. И, кроме того, если вы планируете бекапить базу не методом бекапа её файлов, а поднимая слейв, то это еще больший гемор.