Вадим

Если есть ссылка на Node, то его можно удалить gridPane.getChildren().remove(node);

Если нет ссылки, то только перерисовывать всю таблицу:
gridPane.setGridLinesVisible(false);
gridPane.getColumnConstraints().clear();
gridPane.getRowConstraints().clear();
gridPane.getChildren().clear();
gridPane.setGridLinesVisible(true);

В задачу особенно не вникал, но если использовать CategoryAxis, то можно получить вот такой результат

Не знаю, на сколько он вам подходит.