Добрый день.
Для установки необходимы три файла: файл сертификата домена.crt (или cer и т.п.), файл ключа .key и файл цепочки сертификатов удостоверяющего центра.
Перед установкой на nginx необходимо объединить файл сертификата с файлом цепочки УЦ, чтобы получилась конструкция:
-----BEGIN CERTIFICATE-----
#Cертификат вашего домена#
-----END CERTIFICATE-----
-----BEGIN CERTIFICATE-----
#Промежуточный сертификат#
-----END CERTIFICATE-----
-----BEGIN CERTIFICATE-----
#Корневой сертификат#
-----END CERTIFICATE-----
Полученный общий файл сертификата+цепочка и файл ключа копируем на сервер и прописываем в VirtualHost для 443 порта:
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/ssl/domain+ca.crt;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/domain.key;