Sergey

Я бы сразу порекомендовал AWS. Особенно учитывая, что у них свой SDK для NET сильно облегчающий работу разработчика.

В свое время, когда впервые арендовал сервер у Хетценера — увидел у них в Вики описание Tartarus.
По сути это надстройка (баш-скрипты) для tar'a, умеет работать по (S)FTP, локально, эмуляционно. Соответственно, умеет делать и инкрементные патчи.