После длительных мучений кажется что проблема где-то в конфиг файле. Когда я делаю тоже самое в Spring Boot всё работает идеально, значит что-то в бине EntityManagerFactory не дописано или прописано неправильно.
Пысы: Если кто-то нашел ошибку буду рад услышать как :)