Давно не работал с API Telegram из питона и этой библиотеки, но раньше каждое сообщение обрабатывалось не более одного раза. Работает примерно так: библиотека перебирает по очереди все обработчики (message_handler) в порядке их объявления и ищет первый, под который подходит полученное обновление (сообщение, callback, стикер, ...)