При вычислении минимума вы рассматриваете только один из двух стеков, а минимум может быть в любом из двух. Рассмотрим такой тест c 7 запросами:
7
5
6
7
0
1
2
0
После первой операции запроса минимума у вас в s2 будет лежать два элемента. Потом вы добавляете 2 меньших по значению элемента в s1. Во время второго запроса минимума не будет выполняться перенос элементов из s1 в s2 и вернется минимум только среди элементов s2.