TrueDrago

В таком случае, либо так, либо как сказали выше, использовать EntityManager (я бы выбрал 2-е в большинстве случаев, но зависит от задачи всё же)

Если логика относится непосредственно к сущности, взятой из базы данных, я её запихиваю в Entity.
Уж не знаю, насколько этот подход правилен, т.к. сам еще новичек в Symfony, но мне это решение кажется вполне логичным.
Насколько я понимаю, тут Models скорее используются для создания абстрактных сущностей или интерфейсов, чтобы потом от них отнаследовать конкретные реализации, будь то Doctrine или что-то еще.