У меня это было вызвано сломанными при обновлении ссылками наподобие K20.depend.boot. Я просто забекапился и последовательно снёс все ссылки на всех runlevel'ах. Решение явно не слишком конструктивное, но, думаю, направление поиска — верное.
Схожее обсуждение на
ЛОР'е.
