Toopie

Не, я конечно не хочу показаться как-бы банальным...Но если надо удалить всю таблицу, то просто напишите в SQL-консоли:
truncate `table_name`;

Ну, как бы сделал я -
students.sql
| id | first_name | last_name | birthday (unix) | class (string) | ну и по мелочи еще |
| 999 | Дмитрий | Грачев | 10.10.2001 | 9 A | ну и по мелочи еще |
--------------------------------
teachers.sql
--------------------------------
| id | first_name | last_name | birthday (unix) | ну и по мелочи
| 1024 | Татьяна | Еблова | 2131241412421 | ну да
--------------------------------
assessments.sql
| id | student_id | assessment | teacher_id | time
| 1 | 999 | 2 | 1024 | 13123123124
--------------------------------
Ну, может это как-то банально, ну не знаю, сойдет

1) Ошибка была не в RB, а в синтаксисе PHP
2) Вообще, в Red Bean есть бины..

R::exec('DELETE FROM `user` WHERE `id`=?', $data['idp']);

Я не эксперт, но MariaDB это MySQL

yum install mysql
yum install mysql-server