Здравствуйте! Я из Яндекса. Из указанных вами двух вариантов первый более предпочтителен. В sitemap не нужно указывать ссылки, которые не должны быть в поиске.
Для ответа на вопрос про утерянные страницы не хватает информации.
Пожалуйста, авторизуйтесь в аккаунте, на котором подтвердили права на управление сайтом. После этого напишите в поддержку с примерами ссылок через форму обратной связи в Справке:
https://ya.cc/t/N9A014nK6K7w5T.
Вы также можете прислать примеры ссылок в чат:
https://ya.cc/t/P3FVrfxf6K7wP2.